Zu Beginn des 18. Jahrhunderts hatte die an leere Kassen gewöhnte Pfarrei wegen der Instandsetzung der baufällig gewordenen Pfarrkirche besondere Geldsorgen. Zudem hatte man neben dem alterschwachen Gotteshauses ein weiteres Problem mit dem Gottesacker, der die Kirche umgab und zu klein geworden war, zumal es neben der Einpfarrung einer Reihe von Orten zu einer weiteren Zunahme der Bevölkerung gekommen war. Wann infolge dieser Entwicklung der heutige Friedhof oberhalb von Wartenfels angelegt und die Kapelle gebaut wurde, lässt sich nicht genau feststellen. Der Überlieferung nach ist bereits um 1746 vom "oberen Friedhof" die Rede, auch wird davon berichtet, dass im Kirchhof zunächst nur noch Kinderleichen begraben wurden.
Wie viele der Herren von Waldenfels in der ursprünglichen von ihnen gebauten Kirche bestattet wurden, ist nicht zu ermitteln. Von ihren Grabdenkmälern sind nur zwei erhalten geblieben, die 1864 von der alten in die neue Kirche gerettet wurden. Dies gilt auch für die Gedenktafel an Anna Elisabeth Teuffel, die 1716 ebenso wie ihre drei zuvor verstorbenen Kinder, in der Kirche ihre letzte Ruhe fanden. Ihre Geldsorgen wurde die Pfarrei auch im 19.Jahrhundert nicht los. Der von 1805 bis 1817 in Wartenfels wirkende Pfarrer Schwemmlein hatte bei dringend notwendigen Reparaturen am Pfarrhaus und an der Kirche in den Jahren 1807 und 1812 nicht allein mit Geldmangel zu kämpfen. Infolge der Säkularisation, wonach verschiedentlich altherkömmliche kirchliche Rechte angezweifelt wurden, verweigerte ihm plötzlich seine Gemeinde die sonst üblichen Hand- und Spanndienste, sodass ihm nichts weiter übrig blieb, als das königlich bayerische Landgericht in Stadtsteinach um Hilfe zu bitten.
Nachdem die Pfarrei Wartenfels 1826 im Zuge der Umpfarrung der katholischen Minderheit in Presseck nach Wartenfels eine weitere Zunahme ihrer Seelenzahl erfuhr, erwies sich die noch immer reparaturbedürftige Kirche zudem als zu klein. Dabei war an einen Neubau nicht zu denken, und einem von Pfarrer Joh. Röder in seiner Not an die königlich bayerische Regierung verfassten Schreiben ist zu entnehmen: "..Kirchendach und Turm baufällig, Pfarrwohnung, Fußböden, Hausplätze, Böden und Stallungen liederlich, im Gottesacker ist schon die Mauer eingestürzt und die Kapelle droht einzufallen." Die Bitte aus Wartenfels blieb nicht unerhört und wieder einmal wurde ausgebessert.
Im Jahr 1841 musste der einsturzgefährdete Kirchturm auf behördliche Anordnung abgebrochen werden. Wie sich die Pfarrei in den folgenden 20 Jahren ohne Turm beim Läuten behalf, ist nicht bekannt. Als zwischenzeitlich auch das Kirchengebäude dem Einsturz nahe war, wurden verschieden Stimmen laut, wie das Problem gelöst werden könnte. Während ein Teil der Bevölkerung für eine weitestgehende Instandsetzung mit Bau eines neuen Turmes war, sprachen andere vom Abbruch der alten Kirche und einem größeren Neubau an gleicher Stelle. Wieder andere plädierten für einen Neubau am Platz des ehemaligen Schlosses, wobei die Pfarrei schließlich 1855 das entsprechende Grundstück des alten Schlosses für einen Kirchenneubau käuflich erwarb.
Im Jahr 1861 schließlich musste die baufällige Kirche auf Befehl der Regierung komplett geschlossen und eine Notkirche in einer nahegelegenen Scheune eingerichtet werden. Zwischenzeitlich war ein heftiger Streit über den Platz für einen Kirchenneubau entbrannt, wobei sich letztlich die Befürworter der Errichtung an alter Stelle durchsetzten. Die Durchführung war letztlich nur mit Hilfe von großzügigen Spenden und Kollekten sowie umfangreicher Eigenleistungen möglich geworden. Im Frühjahr 1862 wurde mit dem Kirchenbau begonnen. Am 8.Juni 1863 wurde der Grundstein zur neuen Kirche gelegt, am 15 September 1864 der Dachstuhl der Kirche und im Oktober 1864 der Turm aufgerichtet. Am 15. Dezember 1864 wurde die Kirche durch Dekan Klinger aus Marktschorgast eingeweiht, obwohl der Innenausbau erst zum Teil fertig war. Die weiteren Ausbauarbeiten erstreckten sich noch bis zur Konsekrierung im Jahr 1867.
Als treibende Kraft beim Bau der neuen Kirche ist Pfarrer Georg Wörler zu sehen, der 1859 im Alter von 37 Jahren als Pfarrer nach Wartenfels kam. Er verstarb an seinem 42. Geburtstag am 22. Dezember 1964 und überlebte die Weihe seines Gotteshauses nur um 7 Tage. Er fand seine letzte Ruhestätte in der Pfarrkirche vor dem linken Seitenaltar. Noch heute erinnert dort eine Gedenktafel mit der Inschrift „Diese Kirche, sein Werk, sein Denkmal“ an diesen verdienstvollen Seelsorger.