Die weltlichen und kirchlichen Ereignisse des 16. und 17. Jahrhunderts blieben auch für die Pfarrei Warten-fels nicht ohne Einfluss. Nachdem der äußerst geschäftstüchtige Kaspar von Waldenfels zu Wartenfels be-reits 1492 für sein Rittergut mit der Halsgerichtsbarkeit belehnt worden war, erhielt er 1509 die bischöfliche Zusicherung, dass er und alle seine Erben, die Besitzer von Wartenfels sind, in Zukunft solches Halsgericht zu Lehen haben sollen. In Zusammenhang mit der Gerichtsbildung kaufte Kaspar von Waldenfels das Dorf Braunersreuth von Hans, Fritz und Wolf von Wildenstein, die mit ihm verschwägert waren.
Wartenfels hatte somit als Kirchen- und Gerichtssitz zentrale Bedeutung für die Nachbarsorte Losau, Ehesberg, Altenreuth, Reichenbach, Seubetenreuth, Braunersreuth, die benachbarten Mühlen sowie Teile von Rugendorf. Kaspar von Waldenfels starb 1521. Er erlebte den Bauernkrieg 1525 und die Schäden am Wartenfelser Schloss nicht mehr, die sein Sohn Fritz mit 4448 Gulden bezifferte. Ob zur Zeit des Bauernkrieges der Priester Johann Kirchner bereits als Pfarrer in Wartenfels amtierte, ist nicht bekannt. Neben seinem Namen findet sich im "General Personal-Schematismus der Erzdiözese Bamberg 1007 - 1907" nur die Jahreszahl 1530 vermerkt. Somit ist Kirchner der erste für Wartenfels feststellbare Pfarrer.Die enge Verflechtung der Herren von Waldenfels mit der auf sie zurückgehenden Pfarrei brachte für ihre Pfarrkinder und auch für ihre Seelsorger in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts bis in den 30-jährigen Krieg hinein unruhige Jahre.
Der 1521 verstorbene Kaspar von Waldenfels zu Wartenfels vererbte seinen umfangreichen Besitz und sei-ne kirchlichen und weltlichen Recht an seine vier Söhne Fritz, Wolf Adolf, Hans und Georg. Nach dem Tode der beiden Brüder Fritz (1535) und Georg (1537) waren Wolf Adolf und Hans die Herren des Rittergutes Wartenfels geworden. Angesichts dieser Sachlage ist es nicht verwunderlich, dass Wolf Adolf und sein Bruder Hans die übernommenen Verhältnisse ihres Wartenfelser Herrschaftsbereichs in Frage stellten. So hatten beide, nachdem sie ohnehin der lutherischen Lehre anhingen, selbstverständlich nichts dagegen, als 1548 der Markgraf Albrecht Alcibiades die Pfarrei Wartenfels widerrecht-lich mit einem lutherischen Pfarrer besetzte. Zwar umfasste das Patronats-recht auch das Recht, bei einer erledigten Pfarrstelle einen neuen Pfarrer zu benennen, doch stand die Bestätigung dem Bischof zu Bamberg zu, doch galt auch hier der damals übliche Rechtsgrundsatz "cuius regio, eius religio" (wessen Land, dessen Religion).
Die Pfarrei war und blieb nahezu 70 Jahre lang, von 1548 bis 1622 protestantisch. In dieser Zeit lassen sich in ununterbrochener Reihenfolge sechs protestantische Pfarrer nachweisen, und das, obwohl das Rittergut in dieser Zeit dreimal den Besitzer wechselte. Bereits 1617/18 als Johann Endres und Johann Gottfried von Guttenberg die Herren von Schloss und Rittergut Wartenfels waren, versuchte der Bischof von Bamberg, die protestantische Pfarrei Wartenfels zum katholischen Glauben zurückzuführen. So erhielt der Pfarrer Ulrich Faulmüller neben seiner Pfarrstelle in Amlingstadt 1616 zugleich die Pfarrei Wartenfels um sie zu reformieren. Er selbst jedoch hat die Pfarrstelle nie angetreten, sondern mit Johann Pfalzgraf einen Vertreter nach Wartenfels geschickt. Pfarrer Pfalzgraf bekam den Unmut der Wartenfelser Bevölkerung, die hartnäckig am protestantischen Glauben festhielt, am eigenen Leib zu spüren, wenn er selbst berichtet, er sei gleich bei seiner Ankunft mit Steinen von Weibern hinausgeworfen worden.
Als im Jahr 1621 das Rittergut Wartenfels käuflich an das Hochstift Bamberg übergeht, ließ die Besetzung der noch immer protestantischen Pfarrei Wartenfels mit einem katholischen Priester nicht lange auf sich warten, wenngleich der Priester Stephan Wirth mangels eines Pfarrhauses im Wirtshaus wohnen musste. Es wird daher vermutet, dass das im Jahr 1964/65 abgebrochene Pfarrhaus, das an der Stelle der jetzigen Metzgerei Schütz stand, nach 1622 erbaut wurde. Nach geraumer Zeit glätteten sich die Wogen, nicht zuletzt infolge der Normaljahrbestimmung des Westfälischen Friedens von 1648. Nach dieser Bestimmung war der Besitzstand der geistlichen Güter und religiösen Verhältnisse von 1624 wieder herzustellen, wodurch es auch zu Gebietserweiterungen der Pfarrei Wartenfels kam. Aus den Kirchenbuchrechnungen jener Zeit ist zu ersehen, dass es die Pfarrherren in der kleinen und nicht mit großen Gütern gesegneten Pfarrei sehr schwer hatten. So standen im Jahr 1674 den Einnahmen in Höhe von 84 Gulden, 1 Pfund an Ausgaben 101 Gulden gegenüber, so dass die Pfarrherren wohl keine andere Möglichkeit hatten, als sich aufs Betteln zu verlegen.